תומר לוטן גדל בגבעתיים,שירת ביחידה 8200 במסלול חמ"ן תלפיות, ומשרת במילואים ביחידה בדרגת סרן. החל את דרכו בשירות הציבורי כיועץ בכיר לשרת החינוך יולי תמיר. בשנת 2012 הקים את ארגון מעש (מרכז ערן שפרמן), הפועל לחיזוק ולהתחדשות השירות הציבורי בישראל, וכיהן כיו"ר הארגון במשך מספר שנים.
תומר ניהל את המרכז לממשל מקומי ופיתוח אזורי במכון אלכא למנהיגות ולממשל של ארגון הג'וינט, שם פיתח את מודל האשכולות האזוריים, שאף אומץ ויושם על ידי הממשלה. בשנים 2014–2017 כיהן כמנכ"ל המרכז הישראלי להעצמת האזרח, עד אשר מונה לראש המטה של אבי גבאי עם בחירתו ליושב ראש מפלגת העבודה והמחנה הציוני.
בשנים 2020–2021 כיהן כראש מטה תוכנית "מגן ישראל", האמונה על ניהול המאבק במגפת הקורונה בישראל. בתפקידו זה היה אחראי על מימוש תוכנית הרמזור והתו הירוק במהלך השנים, כיהן גם כעמית בכיר בקרן ברל כצנלסון וכחבר בוועד המנהל של המכללה החברתית-כלכלית.
ביוני 2021, עם כינונה של ממשלת ישראל השלושים ושש, מינה השר לביטחון הפנים עמר בר-לב את לוטן למנכ"ל המשרד עד השבעת הממשלה ה-37.